本校は昭和５１年与儀小学校の過大校解消のため，開校した。米軍ガソリンタンク跡，軍用地解放によって国有地の無償譲与となり地権者の積極的なご協力（換地）により昭和５０年８月２７日校舎建築の運びとなった。
昭和５１年１月１０日の古蔵小学校設置条例が公布され同日学校長も発令され開校準備が進められた。しかしながら，分離はしたものの整地が間に合わず始業式は与儀小学校で行われ，授業も４月中は間借りのままで行われた。５月１日現在地の新校舎に移転した。
開校当時は，在籍が１３２１名，学級数３２学級，教職員４２名でスタートした。しかし，昭和５７年４月仲井真小学校の開校により一部校区変更がなされ，更に平成５年４月１日，校区が変更（与儀小学校と城岳小学校に校区を一部移行する）された。
さらに，平成２１年９月１８日より新校舎建設にともなう仮設プレハブ校舎への移動，平成２３年２月１４日には完成した新校舎での生活が始まり，現在に至っている。
